Centrale dogma van de moleculaire biologie: DNA RNA eiwitten transcriptie translatie
DNA/RNA = base + cyclisch monosaccharide + fosfaatgroep
Base :
o Purine : Adenine, Guanine
o Pyrimidine : Cytosine, Thymine (DNA), Uracil (RNA)
Suikerstructuren :
o DNA : deoxyribofuranose (1 zuurstof minder dan RNA)
o RNA : ribofuranose
Base Nucleoside Nucleotide
Adenine Adenosine Adenylzuur
Ade Ado Adenosine monofosfaat
A A AMP
Guanine Guanosine Guanylzuur
Gua Guo Guanosine monofosfaat
G G GMP
Cytosine Cytidine Cytidylzuur
Cyt Cyd Cytidine monofosfaat
C C CMP
Thymine Thymidine Thymidylzuur
Thy Thd Thymidine monofosfaat
T T TMP
Uracil Uridine Uridylzuur
Ura Urd Uridine monofosfaat
U U UMP
Nucleoside = base + ribose
Nucleotide = nucleoside + fosfaatgroep
Fosfodiesterbinding : polymeren van nucleotide door binding tussen C3 van ribosering nucleotide X
en fosfaatgroep op C5 van nucleotide X+1
DNA
Watson-Crick model:
2 polynucleotideketens draaien rond gemeenschappelijke as tot dubbelhelix
2 strengen lopen antiparallel: 5’ -> 3’ / 3’ -> 5’
Basen in de kern, suiker-fosfaatgroepen periferie
Baseparing via waterstofbruggen
oThymine – Adenine (2 waterstofbruggen)
oCytosine – Guanine (3 waterstofbruggen)
, Negatieve lading door fosfaatgroep
Oppervlakte 2 groeven: een grote en een kleine
Lengte wordt beschreven volgens aantal baseparen (bp) of kilobasepaar (kb)
Andere helicale structuren:
B-DNA = model Watson-Crick
10 basenparen per draai
A-DNA
dehydraterende omstandigheden
bredere, plattere rechtsdraaiende helix
11 basenparen per draai
Grote holte in middelste van dubbelhelix
Vlakken van de basen 20° gedraaid tov as van de helix
Zeer brede grote groeve en ondiepe kleine groeve
Z-DNA
Linksdraaiende dubbele helix
12 basenparen per draai
Veel langer dan B-DNA
Diepe kleine groeve en bijna afwezige grote groeve
Regulatorische functie
Andere ruimtelijke structuren:
Gebogen DNA
4-6 adenines gescheiden door 10bp
Adeninesequenties rigide, andere flexibeler
Fundamenteel in DNA-eiwitinteracties (replicatie, transcriptie, recombinatie)
Herkenningssignaal voor DNA reparatie mechanismen
Cisplatine: anti-tumoraal antibioticum, vormt inter en intra strengbruggen in DNA
door vervanging van 2 CL atomen door N7 atomen van 2 guanines -> veroorzaakt
sterke buiging -> wordt herkend door DNA bindende eiwitten -> transcriptie en
apoptose
Kruisvormig DNA
Ontstaan uit inverted repeats
Naast controleregio’s of bij beginpunten van DNA-replicatie
Moleculaire schakelaars tussen replicatie en transcriptie
Verbreken waterstofbruggen tussen complementaire strengen en vorming intra-
streng waterstofbruggen -> kruisvormige structuur
Triple helix
Bevatten homopurine sequentie
Vrije posities voor H bruggen op N-7 en O-6 bij guanine, N-7 en NH 2-6 bij adenine
Specifieke condities: Hoogesteen of omgekeerde Hoogesteen base triplets
Hoogesteen waterstofbruggen: TAT en CGC
Omgekeerde Hoogesteen waterstofbruggen: GGC, AAT en TAT
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