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Samenvatting hulpdocument examen bio-informatica

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Dit bestand bevat links naar de websites gebruikt in de les en de syntax gebruikt in jupyter (wel niet van het gedeelte van python) Ik persoonlijk heb gewoon dit document gebruikt tijdens het oefenen thuis en dan op het openboek examen had ik genoeg tijd omdat ik alles hier snel in terug kon vinde...

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  • 10 mars 2024
  • 8
  • 2022/2023
  • Resume
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gudrunopdebeeck
Websites, links en syntax
Websites en links
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
=entrez gene
FASTA RefSeq, NM_, Nucleotide, Genbank format, Text editor, genexpressie
RefSeq_id = NM… of NP…

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
= europees alternatief van genbank
EMBL formaat
DBfetch

https://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=L07770&style=raw
geeft rechtstreeks alle informatie van id
id nog aanpassen

https://www.ensembl.org/index.html
gencode annotatie
ENSG: gen-id
ENST: transcript-id
Ortholoog en paraloog predicties
Biomart: lijsten
Ook bv van genenlijst de sequenties downloaden

http://www.openhelix.com/


https://genome.ucsc.edu/
= ucsc
Bv exonen

http://obofoundry.org/
open biomedical ontology

https://www.omim.org/
genetische varianten en hun effecten

https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/annotations
gene ontology en annotaties

CELLS.UCSC.EDU
cellxgene.cziscience.com
http://www.ebi.ac.uk/gxa

, gen expressive atlas

https://flybase.org/
alles van fruitvlieg

https://www.informatics.jax.org/
alles van de muis

https://rgd.mcw.edu/
alles van de rat

https://wormbase.org//#012-34-5
alles van de worm

https://zfin.org/
alles van de zebravis

https://www.yeastgenome.org/
alles van gist

https://bio.tools/ecogene
alles van E. coli

https://www.omim.org/
ziektes, phenotypes

sequelpro login
hostname: genome-mysql.cse.ucsc.edu
username: genome
zonder wachtwoord

https://cells.ucsc.edu/
ucsc cell browser
genen van celsoorten vinden
downloaden als gzipt

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
gprofiler
lijst van namen omzetten tot bv alle refseq
functional profiling (data sources, berekent kansen)
functies van genen/cellen te weten komen


Syntax
Opslaan: ctrl s

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Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?

Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur gudrunopdebeeck. Stuvia facilite les paiements au vendeur.

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