Hoofdstuk 1: isolatie van nucleinezuren
EX: Welk type binding is belangrijk bij pcr om deze 2 strengen uit elkaar te halen?
Waterstofbruggen
ALTIJD van 5’(fosfaat)3’ (OH groep)
RNA= reactiever, minder stabiel door 2’ OH groep
Hairpin
EX: TRNA kunnen herkennen
EX: In welke fase chromosoom?
Mitose-metafase
DNA ISOLATIE = isoleren (zuiveren) v DNA uit cellen
Nodig voor enzymatische ‘down stream’ toepasssing & werking verstoord bij onzuiver staal
HOE cellen openbreken voor DNA isolatie?
Lyse(buffer) afh van staaltype/celstructuur (versch voorbehandeling+ versch componenten)
‘pretreatment’ kan noodzakelijk zijn (voorbereidende stappen)
Plant&bacterie CELWAND (dier: celmembraan)
Gram+ dikkere wand dan -
- Chemisch (toevoegen v stof)
Detergent: SDS (sodium dodecyl sulfaat), maakt celmembraan kapot (vorming micel),
fosfolipiden uithalen (detergent&chaotrope stof = denatureren substraat = beter
voor enzym (proteinase k))
Alkalische buffer: NAOH
- Biologisch (enzym)
Proteinase K: breekt EW/nucleasen af, celmembraan + EW gebonden op NZ
Eigenschap: breed sprectrum, knipt na hydrofobe AZ
Nadeel: actief bij bep temp (50-70°C)
PH optimum = 8
Invloed = GROOT
Activiteit verhoogd bij aanwezigheid detergenten (SDS, Tween-20, Triton X 100) &
chaotrope stoffen (GuHCL, Guanidium-hydrochloride, ethanol, SDS, ureum,fenol,
mgcl2, guanidiumisothiocyanaat GuSCN)
Functie: EW denatureren+ nuclease onschadelijk maken (enzyme dat NZ afbreekt)
Chaotrope stoffen/zout: vorm EW valt uit elkaar, verhoogt entropie in bio systeem
door interferatie met zwakke intermoleculaire kracht (WB, vdwaalskracht, hydrofobe
effecten 2 hydrofobe mol. hebben aantrekking (aggregeren) dus moeten daar alle
H20 voor wegduwen, chaotroop inhibeert dit)
Effect op biomol. = zelfde als functie Proteinase K + verbreken watermantel DNA
(chaotroop trekt ook aan H2O en is sterker dus wint) + membraanpermeabiliteit
verhogen door verstoring hydrofoobeffect
, Lysozym: bacterie, hydroliseert peptidoglycaan (=maakt kapot) (bacteriele wand) +
breekt celwand van gram+ (Gr – heeft extra membr). Zit in traanvocht
- Fysisch (temp, druk, straling)
Warmte, osmose
- Mechanisch (beweging)
Vortex, soniceren
- Combinatie v versch methodes
Humane cel: proteinase K + detergent + warmte
Bacterie : NAOH + warmte
EX: Welke lading DNA ?
Negatief – (trekt H20 aan)
HOE zuiveren we DNA? Hoe verwijderen we overige celcomponenten?
Voordeel= sneller, gemakkelijker, beter bewaren, stabieler
Na cellyse, lysaat: DNA(zonder EW)/RNA in waterige opl, afbraakmateriaal v cel
(gedenatureerde EW, suikers), detergent, proteinase K, chaotroop
Versch opties:
- Phenol/chloroform extractie (vroeger)
Nadeel: schadelijke productie, duurt lang, moet heel nauwkeurig, isopropanol
precipatie
Voordeel: zeer zuiver dna, goede opbrengt
Versch fasen: waterig (DNA), interfase (celdebris), organische (proteinen EW, lipiden
VETTEN)
Isopropanol toevoegen, centrifuge, DNA slaat neer, bovenste vloeistof weg
- Boom extractie (nu) (kolomchromatografie)
Adsorptie van DNA op silicagel= silica-, samenstelling buffer: hoge zout conc &
chaotroop agens. zoutbrug+
Verwijderen contaminanten= wassen(ethanol & hoge zoutconc), flow through.
Elutie DNA (eluaat) = buffer: laag zoutconc, Tip: membraan goed drogen (GEEN
ethanol)
- Silica membraan technologie (gemakkelijk) voordeel: snel, minder schadelijk,
zuiver+geconcentreerd DNA, makkelijk te automatiseren.