Volledige samenvatting hoofdstuk 2 van methoden in het biomedisch onderzoek 3. Hoge punten al bewezen na gebruik van deze samenvatting, 16+/20!
alle sequencers op volledige en begrijpbare manier neer geschreven met alle uitleg vandien.
Methoden 3: van één (enkele) molecule(n) naar omics
- Next Generation sequencing = NGS
Multi-omics:
Bulk- vs single cell-omics
Spatial
omics: ruimtelijke info behouden, cellen bekijken terwijl ze nog in het weefsel zitten
o Fruit bekijken terwijl het nog in de fruitschaal ligt en dus info blijft behouden van
waar in de fruitschaal het zich bevindt.
Interactomics interacties bekijken
Fluxomics meten hoe moleculen worden omgezet in een ander en de snelheden Pathway
analyse.
Gen modulatie: biomedisch probleem bv. ziekte adhv. omics identificatie gen, proteïne, lipide dat
veranderd is in ziekte gen modulatie toepassen om functie van gen/lipide/proteïne in ziekte na te
gaan.
DOEL: Concrete vraagstellingen beantwoorden integratie van methoden.
,H2. DNA
2.1 DNA sequentiebepaling
De novo genoom sequentiebepaling
- Ongekende genomen
- HGP
- Overlappen om zo te achterhalen hoe deze in elkaar passen, repeats zijn een uitdaging!
Resequencing
- Gekende genomen
- Referentiegenoom achterhalen hoe alle fragmenten in elkaar passen door te mappen tov.
referentiegenoom
- Verschillen tussen individuen
o SNP’s
o Ziekten
- Diagnose, farmacogenetica, etc.
- Differentiële chemische klieving van nucleïnezuren in 4 verschillende reacties, gevolgd door
scheiding volgens grootte op gel en visualisatie via autoradiografie
- Strengen radioactief merken
Relatief korte fragmenten
Niet helemaal specifiek sequentie niet altijd eenduidig
Fragmenten merken => knippen zodat maar 1 merker per
fragment is.
Dan verschillende klievingsreacties
- Knippen na een G
- Knippen na een G of A
- Knippen na een C of T
- Knippen na een C
Op gel zetten dan adhv. waar bandjes kan je afleiden
welke base zich op die plek bevindt.
ddNTP = ontbreken van 3’ OH,
deze vormt normaal
fosfodiesterverbindingen in een
DNA met
Sanger sequencing = nieuwsynthese keten
dideoxy-keten
terminatie
Template = gefragmenteerd genoom dat geamplificeerd wordt door cloneren of een specifiek
fragment dat geamplificeerd wordt met PCR.
Polymerase + primer + mengsel van 4 dNTPs + ddNTPs (elke ddNTP met verschillend fluorescent
label). Reactie gaat gwn door bij inbouw van dNTPs maar stopt bij inbouw van een ddNTP. Daar
fluorescente merker. aflezen in capillaire gelektroforese = elektroferogram, kortse fragment eerst
en zo sequentie bepalen.
- Juiste verhouding dNTPs/ddNTPs
- Betrouwbaarheid verhogen door reactie in beide richtingen uit te voeren FW en RV
primer
Beperkt tot ~500nt, lastig met repeats
€
Phred-Score van elektroferogram:
- 10 = 1/10 bp is fout
- 20 = 1/100 bp is fout
- 30 = 1/1000 bp is fout
Liefst 20 of 30
, Sequentie fout vs mutatie? FW en RV primer ter bevestiging
Craig Venter
Sequentie v.e. individuele mens voor eerste keer. Gedaan adhv. whole genome shotgun
sequencing.
- Random clones, geen mapping
- Sanger
Heel moeilijke data-analyse om alles te assembleren random korte sequenties zonder mapping
reassembleren
Enorme impact op:
- Technologische ontwikkeling van sequencing
- Bio-informatica
- Visie op delen van data open science
- Biologische kennis nagenoeg hele sequentie humane genoom gekend, nu kijkend naar
genetische verschillen en evolutie.
- Etc.
Nieuwe uitdagingen:
- Persoonlijke genoomsequenties van iedereen
Personalized precision medicine
o Sequentie gekend met SNPs diagnose, prognose, preventie, gebruik medicatie,
inzicht in aandoeningen
o THERAPIE OP MAAT
Ethisch!
2.1.2. 2de generatie sequentiebepaling: short-read next-generation
sequencing
DOEL = veel hogere throughput aan veel lagere kost massale DNA sequentiebepaling mogelijk
Parallelle detectie (Massive parallel sequencing)
- Korte sequenties massief parallel sequencen
Miniaturisatie van reacties
Integratie van het proces (pipeline)
- Directe detectie (<> scheiding fragmenten vie gelelectroforese)
4 basis stappen:
- Stap 1: aanmaak DNA library
- Stap 2: Klonale in vitro amplificaties
- Stap 3: Sequencing/sequentiebepaling
- Stap 4: Data analyse
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur lukanys11. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
