Resume
Samenvatting bioinformatica
- Établissement
- Universiteit Antwerpen (UA)
Samenvatting van de lessen bioinformatica. Handig om mee te nemen naar het open boek examen. score: 15/20
[Montrer plus]
1 vérifier
Par: neginjamali1 • 4 jours de cela
Aperçu du contenu
BIOINFORMATICASAMENVATTING
Academiejaar 2019-2020
Bronnen:
Samenvatting gemaakt a.d.h.v. de lessen en PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
Afbeeldingen afkomstig van de PowerPoint’s van Prof. Kris Laukens
,LES 0 – VAKINFORMATIE
1. Examen
open boek Meebrengen:
Oefeningen Schrijfgerief
Open vragen Samenvatting en/of cursus
Interpretatie vragen Rekenmachine
Practicumvragen
2. Inhoud theorie
Deel 1 – Scope
H1 – intro
H2 – computerwetenschappen (achtergrond)
Deel 2 – Sequence algorithms
H3 – pairwise alignment
H4 – multiple alignment
H5 – sequence search
H6 – sequence patterns
Deel 3 – Systems
H7 – phylogenetic analysis
H8 – sequence assembly
H9 – mass spectrum matching
H10 – networks
3. Inhoud practica
4 practica:
Databases
Problem solving
Computer
Labprogramming
1
,LES 1 – INLEIDING
1. “Getting started” – inleiding
We kunnen veel leren van één enkele sequentie:
Sequenties met elkaar vergelijken
Sequenties opzoeken in databanken
Evolutionaire verwantschappen bestuderen
Patronen in sequenties vinden
Functie van een proteïne voorspellen
1.1 Data verwerven
1.1.1 Het menselijk genoom
Wat is het? Sequentie achterhalen:
= 2x 23 chromosomen DNA uit weefsel halen, kopiëren & in kleine fragmenten knippen
Elke cel heeft een exacte kopie Sequentie van elk fragment bepalen met een “sequencer”
Kunnen we de sequentie bepalen Alle sequenties vergelijken & weer aan elkaar puzzelen
(basen: A/T/C/G) o = “genome assembly”
1.1.2 Metagenomics
= van organisme naar ecosysteem
Sample nemen
Dit sequencen & hiermee bepalen welke organismen vorkomen
1.1.3 Biologische complexiteit
Centraal dogma:
Genen (het DNA)
o Is slechts één enkel niveau
Vertelt iets over sequentie
Vertelt niets over wat deze sequentie betekent
o Toevallige mutaties in DNA leiden tot evolutie
Vergelijkbaar met het groene boekje: wel woorden, geen betekenis
Transcript (het RNA)
o = het ‘programma’ dat gegenereerd wordt
o Gaat bepalen welke eiwitten gevormd worden
Eiwitten
o = de programma’s die alles zullen uitvoeren
Vergelijkbaar meteen woordenboek: woorden + betekenis
RNA & eiwitten zorgen voor extra complexiteit:
Interactie
o Moleculen (eiwitten) interageren met & beïnvloeden elkaar
Variatie
o Er is een groot aantal genen
o Nog grotere variatie in RNA & eiwitten
Spatiotemporele dynamiek
o Hoeveelheid van elk molecule veranderd met de tijd & ruimte
1.2 Data integratie
= verschillende soorten data m.b.v. computers samenbrengen
1.2.1 Emergent properties
= “het geheel van moleculen is meer dan de som van alle componenten”
Je hebt 26 letters waarmee je een tekst kan maken
Je wil de letters zo combineren dat er een betekenis achter zit (meer dan de som v/d componenten)
2
, 2. Wat is bioinformatica?
Bioinformatica:
“Het onderzoeken, ontwikkelen of toepassen van computationele hulpmiddelen & benaderingen, om het gebruik van
biologische/medische/gedrags-/gezondheidsgegevens (data) uit te breiden, waaronder degene om dergelijke gegevens te
verwerven/op te slaan/te organiseren/archiveren/analyseren/visualiseren”
complexe moleculaire data begrijpen
Computationele biologie
“De ontwikkeling en toepassing van data-analytische & theoretische methoden, wiskundige modulering en computationele
simulatie technieken, voor de studie van biologische, gedrags- en sociale systemen.”
! Een geretaleerde discipline = data mining (nog een stapje verder)
2.1 Data
Wat kunnen we met data (gegevens) doen?
Processen
Vergelijken
Opslaan
Vergelijken
…
Wat is data?
Kan gaan over moleculaire delen DNA/RNA/proteïne/3D-structuren
Kan ook gaan over wat ze doen interacties/functies/rol bij ziekte/locatie…
2.2 Relevante trends
Bioinformatica groeit erg snel:
1. Hoge-doorvoer revolutie
o Grotere doorvoer mogelijk (onderzoek op grotere schaal)
o Gevolg: alles wordt minder duur
2. Centraal dogma is ‘verouderd’
o Nog steeds geldig, maar onvolledig
o Alles is veel complexer:
RNA-processing
Post-transnationale modificaties
3. Genoom & maatschappij
o Mogelijkheid om eigen DNA te laten afnemen & sequencen
o Er bestaan online databanken
4. The big wave data
o Steeds meer & meer data geproduceerd
o Computers volstaan niet meer om alles bij te houden
5. De AL-revolutie (artificiële intelligentie)
o Nieuwe computerprogramma’s
3. Oefeningen
Oefn. 1.1
Describe for yourself three biomolecular problems that can be answered with bioinformatics techniques. You can use inspiration from
past courses.
Oefn. 1.2
What role do you think bioinformatics willplay in your future career?
Oefn. 1.3
What role do you think bioinformatics willplay in the hospital of 2025
3
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur biomed2017. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €2,99. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
80364 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans