Binnen de Bio - informatica is het belangrijk dat je plasmiden kan ontwikkelen. Het ontwikkelen van plasmiden gebeurt via het programma pDRAW. In dit document wordt stap voor stap uitgelegd hoe je moet werken met pDRAW om een plasmide te ontwerpen.
1) Accession number (Genbank)
o Vb. pSPORT 1 Acc = U12390
o Belangrijk
o 1 Sequentie. Geen witruimtes enkel en alleen de sequentie.
o Plasmide heeft 1 grootte!
2) Sequentie van pSPORT1 (Copy – Past)
o File New Enter Sequence
o Klikken op “Oké”
o Sequentie wordt lineair voorgesteld, Hoe veranderen?
Edit DNA name, properties and annotations DNA – information
DNA – name = pSPORT1
DNA is circulair
3) Sequentie circulair maken – visualiseren
o Sequentie wordt lineair voorgesteld, Hoe veranderen?
Edit DNA name, properties and annotations DNA – information
DNA – name = pSPORT1
DNA is circulair
4) Invoegen annotaties
o Belangrijke annotaties:
MCS
Antibioticaresistentiegen
Restrictie – enzymen EZ – selection Sequentie type
6bp selecteren en Interrupted, Nonpalindromic,
Degenerated mag weg
o Info opzoeken op Genbank
o Hoe ingeven?
Edit Annotation Add
o Lac – repressor (ORF) = 464 – 1546 (Richting: )
o Amp (ORF) = 2661 – 3521 (Richting: )
5) Opslaan pDraw file
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