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Hoe werken met pDRAW?

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Binnen de Bio - informatica is het belangrijk dat je plasmiden kan ontwikkelen. Het ontwikkelen van plasmiden gebeurt via het programma pDRAW. In dit document wordt stap voor stap uitgelegd hoe je moet werken met pDRAW om een plasmide te ontwerpen.

Aperçu 1 sur 2  pages

  • 23 janvier 2022
  • 2
  • 2021/2022
  • Autre
  • Inconnu
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matissedecaluwe
Stappenplan pDraw

1) Accession number (Genbank)
o Vb. pSPORT 1  Acc = U12390
o Belangrijk
o 1 Sequentie. Geen witruimtes enkel en alleen de sequentie.
o Plasmide heeft 1 grootte!


2) Sequentie van pSPORT1 (Copy – Past)
o File  New  Enter Sequence
o Klikken op “Oké”
o Sequentie wordt lineair voorgesteld, Hoe veranderen?
 Edit  DNA name, properties and annotations  DNA – information
 DNA – name = pSPORT1
 DNA is circulair


3) Sequentie circulair maken – visualiseren
o Sequentie wordt lineair voorgesteld, Hoe veranderen?
 Edit  DNA name, properties and annotations  DNA – information
 DNA – name = pSPORT1
 DNA is circulair


4) Invoegen annotaties
o Belangrijke annotaties:
 MCS
 Antibioticaresistentiegen
 Restrictie – enzymen  EZ – selection  Sequentie type
 6bp selecteren en Interrupted, Nonpalindromic,
Degenerated mag weg

o Info opzoeken op Genbank

o Hoe ingeven?
 Edit  Annotation  Add
o Lac – repressor (ORF) = 464 – 1546 (Richting: )
o Amp (ORF) = 2661 – 3521 (Richting: )



5) Opslaan  pDraw file

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Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur matissedecaluwe. Stuvia facilite les paiements au vendeur.

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