samenvatting van alle hoorcolleges en overzicht van alle informatie. alle oefeningen zijn hierin uitgewerkt. Door dit document te gebruiken haalde ik in eerste zit een 18/20.
- Dit is in deault formaat
- Zoals een genbank formaat
- Via deze site: NM nummer vervangen => FASTA sequentie meteen te zien!
Informatie over een gen
- Gen structuur
- Functies
- Gen expressie
- Interacties met andere proteïnen
- Mutante fenotypes
- Homologie
Gegeven info
- Elke lijn = transcript isovorm
- NM_identifier = RefSeq identifier
Geeft de FASTA sequentie door erop te klikken
Zoeken in entrez nucleotide (Home - Nucleotide - NCBI (nih.gov))
- NP_ = protein entry
- Non-coding exon = licht groen <-> coding exon = donker groen
RefSeq
- Veel sequenties zitten vaker in genbank => redundantie
- Doel: voor elk molecule een referentiesequentie hebben
- Elke RefSeq = uniek molecule van een organisme
- RefSeq is niet redundant => elk bestaat maar 1 keer
- NT_, NP_, NM_
- XP_ = voorspellingen
Voorbeeld: EIF4EI (accession number: U54469)
- U54469 ingeven in entrez nucleotide
- Header, features en sequence gegeven
- CDS = coding sequence
- Genproduct = eukaryotic initiation factor 4E-II
- Gennaam = eIF4E
European database – EMBL/EBI (EBI Search < EMBL-EBI)
- ENSG nummer = ensemble gene ID
- Europese versie van NCBI
DBFETCH (Dbfetch < EMBL-EBI)
European nucleotide archive -ENA (ENA Browser (ebi.ac.uk))
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
OEFENING 1
Vindt de publicatie in PubMed met PMID 29764999
1) Open entrez all databases
2) Geef het PMID in
3) Artikel gegeven over het gen
Welk gen is ermee gelinkt?
1) Het E2F1 gen komt voor in het artikel
Er is maar 1 transcript: geef de FASTA, GenBank en graphics
1) Open entrez nucleotide
2) Geef E2F1 in
3) Je kan zien dat er maar 1 transcript is
4) Klik op de RefSeq transcripts: het transcript is NM_005225
5) Klik links boven op FASTA, GenBank en Graphics
Download het GenBank formatted flatfile
1) Druk rechts boven op sent to
2) Druk op file en genbank formaat
3) En download het
Download de flatfile met DBFetch (default format)
1) Ingeven in link bovenaan bladzijde
2) Crtl+A en crtl+C
3) Crtl+V in notepad++
Open het in een text editor
1) Open notepad++
2) Open het gedownloade bestand
PROTEIN DATABASES
Via entrez gene
- Gen ingeven in entrez gene
- Bij de tab “NCBI reference sequences” staan links naar sites
- NP_ = link naar entrez Protein (Home - Protein - NCBI (nih.gov))
- P = link naar UniProtKB (UniProt)
- UniportKB = swissprot
GFF format
- Alleen de features
- Tab seperated text file -> 9 kolommen
- sequentie naam – bron – type feature – start – stop – score – strand – frame – extra tekst
OEFENING 1
Download de FASTA sequentie van humaan hemoglobin alpha protein from uniprot
1) open uniprot
2) vul de naam van het eiwit in
3) ga naar FASTA
4) open de sequentie en plak hem in notepad++
,Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
Download een GFF format list of features
1) ga via format naar GFF
2) plak in notepad++
OF: voeg het eiwit toe aan je basket -> download dan het juiste formaat
OEFENING 2
Vindt de paper over de rol van het DCC gen in cellular differentiation and colorectal
tumorgenesis (Hendrick et al. 1994)
1) zoek via pubmed all databases
2) geef “hendrick DCC gene” in
3) je krijgt nu het artikel te zien
Geef het pubmed ID
1) ID is te vinden onder de titel van het artikel
2) PMID: 7926722
Wat zijn de residus die de signal sequence bepalen volgens de uniprot entry?
1) Zoek het DCC gen in entrez gene
2) Ga naar de uniprot link
3) Zoek naar daar signal peptide
4) Positie 1-25
5) Via BLAST kan je de sequentie vinden
= MENSLRCVWVPKLAFVLFGASLFSA
Structuren
Hoeveel mRNAs zijn er van het SOX2 gen?
1) Ga naar entrez gene
2) Geef SOX2 in
3) Er is 1 transcript isovorm = 1 mRNA
Wat is de functie van dit gen?
1) Open de info over het gen
2) Ga naar de uniprot link
3) Hier kan je de functie lezen
Geef de FASTA sequentie van 1 mRNA
1) Ga naar NM identifier en klik erop
2) Open de FASTA
Geef de FASTA sequentie van 1 proteïne isovorm
1) Ga in uniprot naar de FASTA
2) Open de sequentie
Is de structuur beschikbaar?
1) Geef in entrez structure SOX2 in
2) Er zijn structuren beschikbaar
Zijn er geannoteerde domeinen in swissprot?
1) Ga in uniprot naar de tab “family and domains”
2) Hier zie je dat er 2 domeinen zijn
3) Positie 19-23 poly-gly
Positie 227-30 poly-ala
, Home Page - Select or create a notebook (kuleuven.be)
GENE ONTOLOGY (GO) (QuickGO (ebi.ac.uk))
GO annotatie
- Functie
- Verwerking
- Component
- Annotaties = alle species die het gen ook hebben
- Wat doet het genproduct?
- Waar en wanneer doet het dat?
- Waarom doet het dat?
Componenten
- Cellular component
- Molecular function
- Biological process
OEFENING 1
Vindt de GO annotatie van het humaan PAX6 in uniprotKB, mouse PAX6 in MGI en fly in flybase
1) open uniprotKB
2) geef het PAX6 gen in
3) ga via quick GO naar de GO annotatie = 222
4) je kan deze opslaan via export – GAF – GO
5) open MGI
6) geef het PAX6 in
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur JenteDG. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €6,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
