Resume
Samenvatting Moleculaire Diagnostiek (R. Verhelst)
- Cours
- Moleculaire Diagnostiek
- Établissement
- Hogeschool Gent (HoGent)
Samenvatting Moleculaire Diagnostiek (R. Verhelst) cursus + ppt
[Montrer plus]
2 revues
Par: ritaverhelst • 3 année de cela
Par: bjorng1 • 3 année de cela
Aperçu du contenu
MOLECULAIRE DIAGNOSTIEKDEEL I: SITUERING MOLECULAIRE DIAGNOSTIEK
1. WAT ZIJN MOLECULAIRE TESTEN?
Start materiaal: erfelijk materiaal: DNA en RNA van menselijke cellen of micro-organismen
Belangrijkste technieken:
- Hybridisatie: probes à FISH (fluorescent in situ hybridisation)
- Amplificatietechnieken: PCR (polymerase chain reaction)
- Sequencing technieken: Sanger-methode
Soorten testen:
- IVD-kits: in vitro diagnostics, commerciële testen, CE-markering (goedgekeurd vr medische
diagnostiek)
- RUO: research use only, commerciële testen à niet voor medische diagnostiek
- ‘Home-brew’ (in huis) testen
- Volautomaten
Voordelen:
- Hoge gevoeligheid
- Specificiteit
- Snelheid van rapportering
Nadeel: PCR: contaminatie
2. DOMEINEN VAN DE MOLECULAIRE DIAGNOSTIEK
5 grote domeinen:
1. Erfelijke genetische afwijkingen (constitutioneel genetische afwijkingen)
2. Verworven genetische afwijkingen
3. Infectieziekten (microbiologie, virologie, parasitologie)
4. Gerechtelijke geneeskunde
5. Voedselveiligheid
Farmacogenetica:
- Gevoeligheid voor GM
- Metabolisering van GM à neveneffecten
DEEL II: AFWIJKINGEN EN VARIATIES IN HET MENSELIJK GENETISCH MATERIAAL
3. BASIS VAN DE MENSELIJKE ERFELIJKHEID
3.1. MENSELIJK GENETISCH MATERIAAL
3.1.1. EUKARYOTISCH DNA
Genomisch dubbelstrengig DNA met anti parallelle oriëntatie à chromosomen
1
,Euchromatine: geheel of gedeeltelijk ontwonden DNA à genexpressie is mogelijk
Heterochromatine: DNA gecondenseerd tot minimale lengte mbv histonen
à geen genexpressie mogelijk
à alle chromosomen zijn individueel herkenbaar mbv karyotypering (= microscopische analyse vd
metafasechromosomen)
Exonen= 2% v genomisch DNA dat codeert vr EW
Intronen= niet vr EW coderende gebieden (codeert niet voor EW)
3.1.2. CODERENDE VS NIET CODERENDE SEQUENTIES
Grootte humaan genoom: 3,1 Gb
- 3,5% codeert vr EW, ribosomaal RNA (rRNA) en transferRNA (tRNA)
- 94,5% codeert noch vr EW, ribosomaal RNA (rRNA) en transferRNA (tRNA)
- DNA-sequentiemotieven à regulatie v genexpressie à interactie met regulatorEW of hormoon-
receptorcomplexen (vb. promotor)
Gebieden met vergelijkbare kenmerken à geclusterd
- Gen-rijk: hoog gen gehalte
- Gen-arm: laag gen gehalte
ð Afwijking in gen-rijk chromosoom is ernstiger dan defecten v zelfde grootte met gen-arme delen
Repeats= repetitief niet-coderend DNA à meerdere keren aaneengeschakeld of verspreid over genoom
- SSR= simple sequence repeats= microsatellieten= short tandem repeat: 1, 2, 3 of 4 nucleotiden die
10-100x achter elkaar herhaald w à variatie in # repeats is allel-specifiek overervend
Vb. poly-T-stretchesl, satelliet DNA v centromeren en telomeren
- Minisatellieten= VNTR= variable number of tandem repeats: 10-60 nucleotiden op meer dan 1000
plaatsen verspreid over genoom à individuele variatie
- SINE= short interspersed elements: repeats tot 500bp op specifieke posities, verspreid over genoom
Vb. Alu-repeat
- LINE= long interspersed elements: repeats tot 9000bp, 17% v humane genoom à positie en #
verschilt v mens op mens
- Andere DNA-fragmenten:
• Pseudogenen= gedegenereerde genen à functie is verloren gegaan door mutatie à resterende
sequentiemotieven wel nog herkenbaar à fout-positieve gen-expressie-signalen veroorzaken à
geen intronen, wel exonen
• Genfragmenten
• Grote # unieke spacers
3.1.3. SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
SNP: erfelijk, kenmerkend verschil in nucleotiden op bepaalde positie in genoom à zowel in coderende als
niet-coderende gebieden
Enkele base-substitutie (C à T, C à G, Aà G) in gen à invloed op AZ-volgorde
- Synonymous: basenverandering leidt nt tot ander AZ à SNP in 3e base v triplet code (wobble)
- Non-synonymous: basenverandering leidt tot ander AZ à SNP in 1e of 2e base v triplet code
!Verband tss SNP’s en erfelijke ziekten, gevoeligheid vr GM, aanwezigheid v stofwisselingsziekten
2
, 3.1.4. CPG-EILANDEN
CpG-eilanden= gebieden v min 200 basen met meer dan 50% GC
- Lineaire sequentie met ‘-C-phospate-G-‘
- Vooral in gen promotor gebieden
- 70-80% is gemethyleerd op C5-positie ve pyrimidine à translatie en genexpressie niet mogelijk
3.1.5. ERFELIJKE, AANGEBOREN EN VERWORVEN ZIEKTE VEROORZAKENDE AFWIJKINGEN
Erfelijke afwijkingen= v ouders op kind doorgegeven via geslachtscellen
- Homozygoot mutant: mutatie in duplo
- Heterozygoot mutant: mutatie in enkelvoud
- Familiair: vb. BRCA-gen bij borstkanker
- Ontstaan tijdens vorming vd geslachtscellen of zygote: vb. Downsyndroom à erfelijke, aangeboren
mutatie
Somatische mutaties= mutaties die toevallig nieuw ontstaan tijdens het leven à afwijkende expressiepatronen
Vb.: maligne tumoren
3.1.6. EUKARYOTISCH RNA
RNA= enkelstrengig polynucleotide à in ¹ typen moleculen met eigen functie bij de genexpressie
mRNA:
- 3% vh cellulaire RNA
- 20-40 kb groot
- Poly-A-staart aan 3’-uiteinde en gemethyleerde guanidine aan 5’-uiteinde (cap-structuur)
- Verspreid over cytoplasma in laag kopie #
- Aard en hoeveelheid afh v: celtype, fase in celcyclus, ontwikkelingsstadium, pathologie, reactie op
interne of externe prikkels
- Alternatieve RNA-splicing: ¹ mRNA’s (isovormen) w gevormd uit pre-mRNA à per isovorm w ¹ exonen
aan elkaar gezet à 1 gen kan leiden tot ¹ EW
Vb. calcitonine/CGRP-gen
• Ene isovorm à vorming calcitonine in schildklier
• Ander isovorm à productie CGRP-EW in hypothalamus
Korte niet-coderende RNA’s: < 200 nucleotiden à regulatie vd mRNA niveaus
- miRNA= micro RNA
• 22 nucleotiden
• Op diverse plekken in genoom van sense- en antisense-streng afgelezen
• Regulatie v transcriptie en translatie
• 40% in intronen
- siRNA= small interfering RNA à bindt als complementaire
streng op sleutelpositie v functionele mRNA’s à inactiveren
mRNA
- piRNA’s= PIWIinteracting RNA
Lange niet-coderende RNA’s: > 200 nucleotiden à komen
weefselspecifiek tot expressie à functie onbekend
3
Les avantages d'acheter des résumés chez Stuvia:
Qualité garantie par les avis des clients
Les clients de Stuvia ont évalués plus de 700 000 résumés. C'est comme ça que vous savez que vous achetez les meilleurs documents.
L’achat facile et rapide
Vous pouvez payer rapidement avec iDeal, carte de crédit ou Stuvia-crédit pour les résumés. Il n'y a pas d'adhésion nécessaire.
Focus sur l’essentiel
Vos camarades écrivent eux-mêmes les notes d’étude, c’est pourquoi les documents sont toujours fiables et à jour. Cela garantit que vous arrivez rapidement au coeur du matériel.
Foire aux questions
Qu'est-ce que j'obtiens en achetant ce document ?
Vous obtenez un PDF, disponible immédiatement après votre achat. Le document acheté est accessible à tout moment, n'importe où et indéfiniment via votre profil.
Garantie de remboursement : comment ça marche ?
Notre garantie de satisfaction garantit que vous trouverez toujours un document d'étude qui vous convient. Vous remplissez un formulaire et notre équipe du service client s'occupe du reste.
Auprès de qui est-ce que j'achète ce résumé ?
Stuvia est une place de marché. Alors, vous n'achetez donc pas ce document chez nous, mais auprès du vendeur emmahudders. Stuvia facilite les paiements au vendeur.
Est-ce que j'aurai un abonnement?
Non, vous n'achetez ce résumé que pour €4,49. Vous n'êtes lié à rien après votre achat.
Peut-on faire confiance à Stuvia ?
4.6 étoiles sur Google & Trustpilot (+1000 avis)
79202 résumés ont été vendus ces 30 derniers jours
Fondée en 2010, la référence pour acheter des résumés depuis déjà 14 ans