Moleculair genetische onderzoekstechnieken SAMENVATTING HC's deel 1
64 views 4 purchases
Course
Moleculair genetische onderzoeks technieken
Institution
Universiteit Utrecht (UU)
In deze samenvatting kan je alle informatie terugvinden die gegeven werd tijdens de hoorcolleges van MGOT deel 1. Hierbij zijn dus de hoorcolleges 1 t/m 9 verwerkt met alle afbeeldingen van de slides op een paar na.
Hoorcollege 1 Uitwisseling van genetisch materiaal door bacteriën
Eukaryoten vs prokaryoten replicatie
- ORI start de replicatie
+ bij prokaryoten → 1 ORI,
+ bij eukaryoten → veel ORI’s,
replicatievorken die bij elkaar
komen zorgen vervolgens dat
het gerepliceerde DNA aan
elkaar gezet wordt
Prokaryoten: repliceert ook terwijl het DNA al
aan het repliceren is, omdat het dan heel snel
kan delen
Eukaryoten: replicatie vindt op verschillende
plekken plaatst
Eukaryoten: mitotische chromosomen
Prokaryoten: deling gaat veel sneller, omdat
het DNA niet uitgepakt hoeft te worden zoals
bij eukaryoten dat verpakt ligt om
nucleosomen als chromatine + DNA replicatie
vindt 1 kant op plaatst
Plasmiden
- extrachromosomaal DNA in bacteriën
- bevatten meestal niet belangrijke genen
- deze genen kunnen wel dus eigenschappen hebben om bijvoorbeeld resistent te
worden tegen bepaalde antibiotica, waardoor het de overleving van de bacterie
vergroot door zijn aanpassingsvermogen
- ook liggen de symbiose genen en pathogeniteit(wat een bacterie gevaarlijk maakt om
als pathogeen te fungeren) vaak op plasmiden
- circulair
- replicatie en behouden van plasmiden is voornaamste doel ervan
→ eigenschappen
+ eigen ORI, repliceert onafhankelijk van
chromosoom
+ eiwitten voor initiatie
+ geel = toxine gen
+ grijs = immunogen = antidote gen
Ori bepaald:
, + host range = in welke bacterie de plasmide kan repliceren
+ copy nr = kijkt eerst hoeveel plasmiden er al zijn
+ compatibiliteit = er mogen alleen plasmiden met een verschillende ori in de bacterie
zijn dus dan moet ie kiezen, welke plasmiden kunnen naast elkaar bestaan in de cel
plasmid copy nr
- single copy → 1 plasmide per bacterie
- multiple copy → als er al veel plasmiden in bacterie zit krijgen de dochtercellen ook
sowieso plasmiden in de cel, dus wel random
Om voor een plasmide in leven te blijven moet een
plasmiden heel veel repliceren, en gebruikt het zijn
antidote gen om bacterie in leven te houden en killer
om de bacterie af te breken dus het is voor de
bacterie van belang om plasmide in stand te houden
zodat het antidote niet afgebroken wordt
DNA coiling
+ plasmiden vaak in een supercoiling vorm,
waardoor er een spanning op het DNA
molecuul ontstaat (knipje en draaiing)
+ nick = knipje in 1 van de strengen →
maakt het mogelijk makkelijker om DNA
te repliceren en genen te maken
+ supercoiled DNA
DNA gelelektroforese
+ DNA op grootte scheiding, kleine
fragmenten gaan sneller
+ supercoiled gaat sneller door de gel dan
een nicked DNA molecuul (DNA zonder
spanning met 1 breuk) en lineair met 2
breuken gaan gemiddeld snel en die wordt
gebruikt voor bepalen van de grootte van
het DNA
+ dus de vorm van het DNA bepaald hoe
snel het door de gel gaat
+ ethidium bromide gaat tussen DNA zitten
wat het laat fluoresceren
EtBr → verandert de mobiliteit van het DNA door
veranderde topologie
- carcinogeen
,Conjugatie
F plasmide
- Donor F+ bindt alleen aan een bacterie met F- via de pili,
dus als het F plasmide er nog niet is,
- F+ bacterie trekt pilus terug zodat de bacteriën bij elkaar
gebracht worden en wordt er een enkelstrengse plasmide
overgebracht
- nick van plasmide in DNA op oriT en vervolgens
DNA polymerase om 1 streng vrij te maken en
de F+ plasmide weer te voorzien van een DNA
streng
Ori T = conjugatie startpunt
→ bepaalde genen nodig voor DNA overdracht
+ tra gen = pilus gen
+ groot operon met transfer genen = voor
aanmaken kanaal en DNA vrijmaken
Als het F plasmide in een genoom integreert wordt het een episome genoemd
Transductie
Faag lambda infectie
- lineair dna wat complementair is en circulair
wordt in de cel
+ Lysogene route, integratie van faag in het
genoom (profaag) en kan bij heractivatie weer
geexisteert worden en weer als los circulair
DNA in de cel komen
+ Lithische route, snelle replicatie en lyseert de
cel (plaques zijn te zien in het lab waar geen
bacteriën zich bevinden), doet het eigenlijk meer
zelf dan de lysogene route
, Bacterie DNA overdracht dmv fagen
- fagen kunnen per ongeluk een bepaald gen overbrengen waardoor het DNA van de
bacterie verandert
- dit levert bacteriën met verschillende eigenschappen waardoor ze juist wel of niet
bijvoorbeeld op een
bepaald medium kunnen
groeien
Transformatie
+ DNA naar binnen de cel
krijgen van buiten de cel
+ enkelstrengs →
dubbelstrengs →
recombinatie → ingebracht
in het genoom
- soms nuttig, soms nadelig
Verschillende methode voor transformatie in het lab
- CaCl2 → poriën + binding DNA op de cel, heat shock en DNA kan naar binnen
- Electroporatie → elektrische lading op bacteriën voor poriën en DNA kan naar binnen
en poriën herstellen zich
- Particle bombardment → DNA-coated beads kunnen door hoge druk door de cel en
kern komen waardoor je naakt DNA kan binnen brengen
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller analuzdevries. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $8.17. You're not tied to anything after your purchase.
